Изменил подход к хранению файлов в системе. Попросил написать скрипт который перенесёт уже созданные файлы в новые папки.
Gemini написал скрипт, и не просто перенёс файлы, но ещё и поправил все логи системы, где встречались пути к файлам, т.к. эти логи отображаются пользователю в GUI.
Молодец, радует :)